Eigentlich hätte sie den ihr ja anscheinend loyal ergebenen Soldaten einfach befehlen können, die Geheimdienstler festzunehmen oder sie sabotiert den Plan auf andere Weise.
Was hätte es ihr denn gebracht, die Geheimdienstleute festnehmen zu lassen? Sie ist auf diese ja für die Erfüllung ihrer Pläne noch angewiesen. Sie könnte zwar versuchen, allein mit der Rebellenfraktion einen gewaltsamen Sturz der momentanen Königin zu unternehmen, aber das hat zum einen geringere Erfolgsaussichten und zum anderen zaudert sie ja noch aus emotionalen Gründen davor, dass ihre "Großmutter" getötet wird.
Außerdem hat der Commonwealth-Geheimdienst die Prinzessin aus ihrer Sicht in der Hand. Eine einfache Rückkehr in ihr normales Leben als Prinzessin und Vierte in der Thronfolge ist ja auch nicht für sie möglich. Der Duke der Normandie hat bereits versucht sie aus dem Weg zu räumen und sollte dann auch noch rauskommen (bzw. vom Commonwealth-Geheimdienst das als Vergeltung für den Verrat der Prinzessin veröffentlicht werden), dass sie mit einem feindlichen Geheimdienst kooperiert hat, könnte er sie sogar ganz offiziell wegen Hochverrats hinrichten lassen (auch wenn das etwa publik zu tun, natürlich eher kontraproduktiv für die Stimmung im Empire wäre bzw. diese zum kippen bringen könnte).
Die echte Prinzessin könnte der Geheimdienst aber nicht kontrollieren.
Sie können, wie oben angedeutet, sie insofern kontrollieren (neben strenger Beschattung durch ihre Agenten), als dass sie ihr Leben in gewissem Maße in der Hand haben. Aus diesem Grund ist man ja auch am Anfang der Operation "Channeling" das Risiko eingegangen, die Prinzessin mit ins Boot zu holen und nicht schon damals sofort zu töten. Eine absolute Sicherheit können sie nie haben; die haben sie aber auch bei ihren Spionen nie, da diese auch zu Überläufern und Doppelagenten werden können (Anges Loyalität wurde ja auch schon angezweifelt, wahrscheinlich schon seit die Operation "Channeling" von ihr überhaupt vorgeschlagen wurde). Es geht einfach darum, ob der Geheimdienst glaubt einen potentiellen Risikofaktor, den schon jeder Mensch darstellt, unter Kontrolle halten zu können.
In der jetzigen Situation braucht der Geheimdienst eine Galeonsfigur in Form der Prinzessin, sei es jetzt Charlotte oder Ange (von der sie eigentlich auch ausgehen müssten, dass sie nicht loyal ist, nach ihrem nicht ganz koscherem Verhalten bei der Tötungsmission), um eine Rebellion im Empire anfachen zu können.
Wie gesagt, kurzfristig in der Situation, in der sich Zelda am Schluss der Folge befand, wäre das Enttarnen der Prinzessin kurz vor Eintreffen der Rebellensoldaten, so ziemlich das Dümmste gewesen, das sie machen hätte können.